Orgánmi Slovenskej kanoistiky sú:
a) Konferencia
b) Prezídium
c) Prezident
d) Valné zhromaždenia jednotlivých sekcií
e) Kontrolná komisia
f) Disciplinárna komisia
Konferencia je najvyšší orgánom Slovenskej kanoistiky.
Prezídium riadi činnosť Slovenskej kanoistiky v čase medzi Konferenciami v súlade s uzneseniami Konferencie.
Členmi prezídia Slovenskej kanoistiky pre obdobie 2017-2021 sú:
Štatutárny orgán Slovenskej kanoistiky zastupujúci Slovenskú kanoistiku navonok.
Prezidentom Slovenskej kanoistiky pre obdobie 2017 – 2021 je Ivan Cibák.
Valné zhromaždenie sekcie je najvyšší orgán sekcie. Sekcie sú základné zložky Slovenskej kanoistiky bez právnej subjektivity. Slovenská kanoistika sa skladá z dvoch sekcií – sekcie divokých vôd (slalom, zjadz, freestyle, morské kajaky) a sekcie hladkých vôd (rýchlosť, maratón, parakanoe, dračie lode, kanoe pólo). Člesnké kluby Slovenskej kanoistiky realizujú svoje práva prostredníctvom sekcií.
Kontrolná komisia kontroluje hospodárenie, dodržiavanie stanov Slovenskej kanoistiky a uznesení konferencie orgánmi Slovenskej kanoistiky, upozorňuje orgány Slovenskej kanoistiky na nedostatky a navrhuje opatrenia na ich odstránenie.
Hlavný kontrolór Slovenskej kanoistiky: Oldřich Kovář ml., kovar@kronovision.sk
Disciplinárna komisia rieši a rozhoduje o disciplinárnych priestupkoch.
Zloženie:
Richard Grigar, grigar@nordia.sk
Ľubomír Nebeský, lubomir.nebesky@gmail.com
Roman Buček, bucek@artwell.sk
Igor Ižo, izo@canoeslalom.sk